最普遍采用的巴氏灭菌法是高温短时间灭菌（HTST)，即把生奶加热到70℃～72℃，历经12～15秒钟，巴氏灭菌的工艺过程可以分为如下六个程序： 利用刚处理过的鲜奶的余热来加热新送来的生奶，可将它加热到57℃左右。 通过热水管将奶加热到72℃，并保持规定的时间。 在72℃下，保持时间不超过15秒钟6实际生产的工艺是把生奶送入管道，控制奶的流量，保证奶的受热温度达到72℃和准确的持续时间。然后，把奶输送到第一阶段系统的另一端，在那里把新送进来的生奶预热，同时其本身也受到冷却。 在热交换器内把热奶冷却到57℃左右。 冷却后，继续用冷水把奶冷却到24℃。根据冷水的供水条件和季节的不同，可能稍高或稍低。 最后阶段，把奶冷却到3℃。灌装后奶的温度保持在4℃～6℃，即可从奶厂发运销售。所有的巴氏灭菌都把结核菌作为微生物的控制指针。 在实际生产中，消灭了所有的结核菌，就意味着其他的病菌也全被消灭。巴氏灭菌还能够消灭奶中所有的酵母、霉菌和细菌的多数植物细胞。经过巴氏灭菌处理以后的鲜奶，也会发生腐败。腐败的原因除了光催化氧化使油脂变质以及奶中各种酶以外，主要是由于细菌的繁殖所引起的。鲜有的变酸结块，通常是由于乳酸菌所造成的。
