SARS病毒的基因组序列哪位了解

由于 SARS 是一种突发的严重传染性疾病，短期内在多个国家均有感染及死亡报道。因此，分析比较不同地区 SARS 病毒的序列差异与突变状况，对于了解疾病的传染过程、病毒的毒力变化以及控制该疾病的传播，都具有非常重要的意义。另外，运用比较基因组学的方法，了解 SARS 冠状病毒与已知冠状病毒的系统发生关系，以确定 SARS Coronavirus 的可能来源与种属分类，也是 SARS 研究的重要课题。 本研究组于 4 月底，利用当时已发表的 9 个不同来源的 SARS 基因组序列，对其 S 蛋白的编码区序列多样性进行了分析，并以 S 蛋白质编码基因为对象，绘制出了序列已公布的几个 SARS 病毒株的系统发生树。5 月 1 日，在北京基因组中心提交 BJ01 全基因组序列之后，随即根据新的 5 条全基因组序列修正了上述 S 蛋白基因组序列突变分析，并进行了全基因组的碱基替换与氨基酸突变分析。所得结果，与北京基因组中心随后发表的论文所述基本一致 北京基因组中心在其发表的工作中，着重比较分析了 BJ01/Urbani/Tor2/CUHK/HKU 等五个病毒株全基因组的碱基替换(substitution)情况及其对编码氨基酸的影响。总共发现了31个碱基替换位点， 计算总突变率约为.0.10%; 其中有义突变(non-synonymous substitution)15个 整体突变率显示，不同地源的SARS冠状病毒基因组，至少在上述病毒株采样期间，保持了相对稳定。从绝对数量上看，突变部位主要集中在RNA聚合酶区域，但是考虑到突变ORF的长度，则显示结构蛋白编码区的突变率要大大高于聚合酶编码区，未知蛋白质区域的突变率高于结构蛋白。这一结构上的突变分布规律，与病毒功能上的稳定性具有一定的一致性。 上述突变规律的研究，对于SARS冠状病毒的防治有着十分重要的意义：首先，RNA聚合酶的保守性，进一步证实了病毒 RNA 聚合酶合成的独立性，也提示RNA聚合酶可能为抗SARS药物设计提供重要靶点。抗HIV药物中的聚合酶抑制剂的成功思路，可能也适用于SARS冠状病毒。其次，S蛋白质的突变，尤其是高比例的有义突变(3/4)，提示S蛋白可能是病毒诱发机体免疫系统生成抗体，及发生细胞毒性的T细胞免疫反应的主要抗原蛋白。这对于了解SARS的急性损伤机制，制备SARS冠状病毒特异性抗体及疫苗，都有着十分重要的意义。 另外，新加坡基因组中心于5月9日发表了对14条SARS全长或部分基因组序列的比较分析结果，对世界各地 SARS病毒的突变及演化关系进行了深入分析。虽然由于其选用的BJ01的序列为5月 1 日修正之前的数据，使得其突变分析结果有待改进，但是他们对于各地SARS病毒相互之间演化关系的推断，还是具有相当重要的启发意义和较高参考价值的。 从上述分析工作来看，SARS 冠状病毒是一个比较稳定的病毒(但也不排除在未来其会有大规模的变异)。这个结果为我们提供了喜忧参半的信息：其稳定性有利于机体针对病毒特异性抗体的生成，降低二次感染可能性，并增加了疫苗研究的可行性;但同时也意味着病毒随传代毒力减低的可能性减小，给疾病的流行控制增加了难度。当然，要回答“SARS 病毒变还是不变?怎么变?”的问题，仅仅这些简单而有限的分析是远远不够的，还需要依赖于对不同地域、不同时间、不同感染者来源的更多病毒株的测序资料，以及更为广泛深入的临床与实验研究。 在系统发生(Phylogenetic)方面，已知的冠状病毒，根据血清学证据和种属发生学规律，分为 3 个 Group。其中 Group1，2 包括有多种哺乳动物冠状病毒，Group3 仅有鸟感染性支气管炎病毒(Avian infectious bronchitis virus, IBV)。序列同源性的分析表明，SARS 冠状病毒与已知各种冠状病毒的同源性都不高 因此，作为一种新发现的冠状病毒，确定SARS CoV的系统发生学位置与种属关系，是病毒学研究的重要课题。在缺乏血清学系统认证的情况下，前面提及的美、加、中三个研究组在发表各自基因组分析结果的同时，都基于核酸或冠状病毒重要编码蛋白的氨基酸序列，对SARS CoV进行了系统发生学分析(Phylogenetic Analyses)。北京研究组的系统发生树，是基于Genebank中已有收载的17种不同的冠状病毒 RNA 聚合酶的核酸和氨基酸序列;USCDC则利用全基因组序列已知的 7 种冠状病毒的6个重要蛋白质氨基酸序列，绘制系统发生树(见图 )，加拿大的工作与USCDC基本类似。上述工作均显示SARS CoV无法归于现有的任何一个Group，且在系统发生上与其他3个 Group 的成员基本上是等距离的。这一结果与序列同源比对的数据也是一致的。北京大学疾病基因研究中心生物信息组，在4月底也曾基于SARS CoV的S蛋白和orf1a序列，对其进行了同源比对和种系进化分析，其结论得到了随后发表论文的证实。 你可以到生物帮那里看下，上面可以找到相关的介绍，那里包含产品技术信息、文献数据库，信息比较准确，丰富的。看下 www.bio1000.com/zt/disease/45616.html 那里就有相关的介绍