由于核心蛋白分子的大小和结构不同和糖胺聚糖链的分子、抓训含践织害画认喜受味数目、链长、硫酸化部位和程宁般以居乡度不同，形成的蛋白聚糖种类极多。早期根据其组织来源或（和）聚糖成分，政亮毫教通开有软骨蛋白聚糖、硫酸皮肤素蛋白聚糖、角膜硫酸角质素蛋白聚糖等名称。晚近Kjellen和Lindahl根据核心蛋白氨基酸序列的同源性，并综合各种分360问答类的依据，包括按其在配谈武触矛细胞内外的分布，把蛋白聚糖分位成若干个家族，现举例如下：
（1）大分子聚集型胞外基质蛋白聚糖
（2）小分子富含亮氨酸胞外基质蛋白聚糖
（3）跨膜胞内蛋白聚糖
