基因序列不能反映蛋白质的功能，蛋白质远比核酸复杂。
⑴与DNA修饰不同，蛋白质的修饰有磷酸化、糖基化、乙酰化、疏基化等。
⑵在形成成熟的mRNA的过程中，一个基因由于拼接方式的不同能编码多个不同的蛋白。
⑶蛋白在细胞的定位可以改变。
⑷蛋白对环境的改变也会产生反应。
⑸mRNA水平常常不反映蛋白质表达的水平，而且即使存在一个开放阅读框也不保证只代表一个蛋白。
⑹一个蛋白可能涉及一个以上的过程，而且相似的功能可能由不同的蛋白来执行。
⑺蛋白质组是一个动态的概念，同一细胞，处在不同的发育阶段，细胞中的蛋白质也会发生相应的变化，从而导致不同的蛋白质组。
