氰化物的毒性主要来自于游离的氰离子,乙腈分子中尽管有氰基,但由於氰基在典型的SN2反应中不是好的离去基团,也不会进行SN1反应,所以乙腈分子在体内不大可能释放出游离氰离子。乙腈只有在代谢过程中产生氰化物,所以它的毒性比离子型氰化物如NaCN、KCN小很多。如果给个数据,它的LD50为2460mg/kg。