A、分析题图可知，①是胸腺嘧啶脱氧核苷酸上的磷酸，不是胞嘧啶脱氧核苷酸上的磷酸，A错误；
B、DNA解旋酶的作用是使氢键断裂，作用部位应该是⑨，B错误；
C、限制性核酸内切酶能识别双链DNA中某种特定的核苷酸序列，把每一条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键打开，C错误；
D、DNA连接酶则是把有黏性末端的2条能碱基互补配对的DNA链连接起来，主要是相邻的磷酸与脱氧核糖核酸形成磷酸二酯键，D正确．
故选：D．
