蛋白结构解析流程概要

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结构解析和牛工修正流程
以下是我总结的晶体结构解析方法：
I分子置换法
使用condition：目标蛋白A有同源蛋白结构B，同源性30%以上。
用到的软件及程序：HKL200复春0, CCP4, COOT, Phenix, CNS,
解析过程：收集数据（X-RAY）--> hkl2000处理数据-->置换前数据处理分子置换（ccp4 Molecular Replacement--MR）-->COOT手工修正，氨基酸序列调换-360问答->phenix refine--coot手工修正phenix refine。。。__拉氏构象图上outlier为0为之，且R-free，R-work达到足够低的值。-->phenix  加水refine（溶剂平滑）。。。（若修正过程中有bias最好也用CNS修正一下）
II同晶置换法--硒代蛋白
使用condition：目标蛋白没有同源结构。 
用到的软件及程序：HKL2000, CCP4, COOT, Phenix, CNS,
解析过程：收集数据（X-ray硒代蛋白及母体蛋斤显白）--> hkl2000处理苦殖数据-->ccp4程序包搜索些该律燃愿传项搜索硒信号（gap），相位确定-->搭模--->以硒代数据得到的pd但告显非染地找b为模型和母体高分辨数据得到的mtz进行分子置换-->后面修正过程与分子置换相似。
 各步骤介绍： 
I .h底油实kl2000：将后致边服针席重x-ray收集的图像编译转化为数字信息，得到的关键文件有.sca和.log，log文件会给出hkl2000处理的过程记录，sca文件是最终处理的输出文件。sca文件包含晶体的穿间种限家笔洲养元介空间群等信息。带有可以被转化为电子密度图的信息。评价hkl2000处理是否成功的参数有数据完整度，最高分辨率等，一般希望处理出在完整度允许的情况下最高分辨率的数据。b.