Drug-likeness

分子胶虚拟库是依托生成式人工智能技术，整合已知分子胶的结构特征、活性数据及三元复合物（靶蛋白 - E3 - 分子胶）的相互作用信息，构建的兼具新颖性、类药性、多样性、可合成性的化合物库。该库适用于基于分子胶的AI药物筛选、大型虚拟筛选等

MCE依托强大的计算能力，以高质量分子砌块为基础构建该库，搭配严谨的反应规则与优化的化合物生成策略。为保障库体质量，剔除了合成难度高、类药性低、PAINS化合物及其他不良分子，再通过化合物骨架分析，筛选出类药多样性分子进行可合成性分析，剔除合成难度过高的分子，最终形成规模庞大、结构多样、可合成且具备类药性的分子胶虚拟库。

库中化合物仅需1-2步化学反应即可合成，借助 MCE 经验丰富的化学合成团队，可以轻松实现从 mg 级到 kg级等不同量级的定制合成，满足不同客户需求。

基于片段的药物发现 (FBDD) 可根据片段分子的基团来进一步划分，这具有战略上的优势，这一特性使得成果能够被进一步优化，并为通过组合多个片段来合理设计更大分子提供了可能性。目前许多上市药物，如 Galatamine、Tacrine、和 Rivastigmine，均为胺类化合物。胺类结构对药物的疗效有着显著的贡献，这种基团有助于提高药物的溶解度、改善生物利用度，并确保药物在保质期内的稳定性，这对于开发有效的药物至关重要。

MCE 可以提供 19,397 种胺类片段化合物，这些化合物均符合类药 “3原则 (RO3)”，即分子量 ≤300 Da，氢供体 (H-donors) ≤3，氢受体 (H-acceptors) ≤3，cLogP ≤3。

在创新药物研发的源头，如何从庞大的化合物资源中快速锁定高质量的苗头化合物，是每一位药物化学家面临的挑战。

MCE 天然产物多样性骨架库，是基于原有的天然产物化合物库进行精简与优化的产物。遵循 “每个BMS骨架仅保留一个代表性化合物” 的筛选原则，将数千个化合物的多样性浓缩至含有 2,310 个化合物的高价值、低冗余的核心集合中。所有化合物均源自天然产物，继承了其结构复杂性和类药性的天然优势。通过去除冗余，文库规模大幅精简，但化学多样性丝毫不减。有效降低了初期筛选的成本和时间，更让后期的数据分析、构效关系研究变得清晰简单。

MCE 1M Drug Fragment-Based Diversity Library 由 100 万种类药化合物组成。该分子库中的每个化合物都含有至少 1个 较复杂的药物片段，这些药物片段来自 FDA批准的 2,946 个药物分子，以提高化合物的类药性。计算化合物的 BMS (Bemis-Murcko Scaffold) 骨架后，每个 BMS 骨架选择 1~3 个药物片段数较高的化合物，以占据更广泛的“类药化学空间”。

本多样性库具备类药性，化合物骨架多样性等特性，是发现先导化合物的有力工具，可以广泛应用于AI药物筛选、大型虚拟筛选等。

MegaUni 库为运用生成式人工智能技术，构建出的兼具新颖性、类药性、多样性、可合成性的超大化合物库。适用于AI药物筛选、大型虚拟筛选等。

MCE 依托强大的计算能力，基于高质量的 40,662 个分子砌块，匹配合适的反应规则，选择最优的化合物生成策略，去除合成难度高、类药性低、PAINS等不利化合物后，进一步分析化合物骨架，优选出类药多样性分子组成虚拟库。随后随机挑选库中分子，进行合成验证，再次剔除合成难度高的分子，经迭代优化后，最终生成含 1000 万可合成类药多样性分子的 MegaUni 10M Virtual Diversity Library。

优选 50,000 个分子组成 MegaUni 50K Virtual Diversity Library。50,000 个分子具有 46,744 种 BMS 分子骨架，每种分子骨架仅包含 1-3 个化合物，化学空间多样，结构新颖，适用于新型先导物发现等。

CRBN 即 cereblon，是泛素 - 蛋白酶体系统中 E3 泛素连接酶复合物的底物识别亚基。CRBN 配体库是能特异性结合 CRBN 蛋白的小分子化合物片段的集合。

这些配体多基于经过验证的 CRBN 结合弹头设计，通过 AI 分子生成优化系统进行改造，不仅包含来那度胺类经典结构，也涵盖非来那度胺类的新型骨架，且经过成药潜力过滤，具有结构多样性和较好的成药性质，可基于库中配体进行优化改造，助力新型分子胶降解剂研发，加速诱导 CRBN 与新底物蛋白结合的分子胶发现，同时可用于 CRBN 新底物挖掘，鉴定未知的CRBN 底物。

MCE的CRBN配体库包含144个CRBN亲和力较好的片段，其分子量在 200 - 500之间。基于库中配体开发的化合物可针对癌症、自身免疫疾病等多种疾病靶点，进一步推动分子胶和PROTAC治疗药物研发。

天然产物是自然界中产生的，来自于任何生物体的小分子化合物，其中包括初级代谢物及次级代谢物。天然产物具有潜在的生物活性，可以作为药物发现的先导化合物。数千年来，大自然一直是药物的来源，大量现代药物从自然界中分离得到，许多是基于它们在传统医学中的用途。随着化合物靶点的开发，对筛选化合物多样性的需求越来越大。通过对自然界生物多样性的持续研究，其中许多生物多样性仍有待开发，天然产物将在满足这一需求方面发挥关键作用。类药五原则（Lipinski rule of 5）是用来描述一个分子类似药物的性质，遵守5法则的分子具有更高的药物潜力。MCE 在已有天然产物库的基础之上，筛选出了符合类药五原则的分子，使得药物筛选的效率更高。

MCE收录了 2,787 个符合 RO5 类性的药物天然产物，是药物发现的重要工具。

MegaUni 库为运用生成式人工智能技术，构建出的兼具新颖性、类药性、多样性、可合成性的超大化合物库。适用于AI药物筛选、大型虚拟筛选等。

MCE 依托强大的计算能力，基于高质量的 40,662 个分子砌块，匹配合适的反应规则，选择最优的化合物生成策略，去除合成难度高、类药性低、PAINS等不利化合物后，进一步分析化合物骨架，优选出类药多样性分子组成虚拟库。随后随机挑选库中分子，进行合成验证，再次剔除合成难度高的分子，经迭代优化后，最终生成含 1000 万可合成类药多样性分子的 MegaUni 10M Virtual Diversity Library。

库中化合物仅需1-2步化学反应即可合成，借助 MCE 经验丰富的化学合成团队，可以轻松实现从 mg 级到 kg级等不同量级的定制合成，满足不同客户需求。

The incidence and significance of central nervous system diseases are increasing at an alarming rate all over the world. Although substantial research efforts have been applied to develop new CNS-active drugs, only a few CNS disorders are addressed satisfactorily, while the remaining ones pose significant clinical challenges. Blood-brain barrier (BBB) permeability is one of the most important limiting factors in the design and development of novel CNS-targeted pharmaceuticals for the treatment of neurological disorders.

Carefully selected from the HTS Compound Collection to meet the parameters optimized for high BBB-permeability, our CNS Focused Screening Library comprising over 30,300 structurally-diverse and potentially CNS-active screening compounds. This original Screening Compound Library is aimed at supporting CNS drug design projects and HTS efforts in search for novel neurotherapeutics.

Macrocycles are promising scaffolds for the design of novel RNA targeting molecules. This collection of macrocycles for RNA consists of very diverse, drug-like molecules which incorporate certain known RNA-recognition elements (e.g. nucleobase ring systems and analogs) distributed within macrocyclic rings or peripheral fragments. As macrocyclic molecules tend to be larger than traditional screening molecules, it is vital to carefully assess and control their physicochemical properties. All macrocycles have been tested for aqueous and DMSO solubility with cutoffs applied at 10 mM in DMSO and 50 µM in PBS (pH 7.4); PAMPA permeability has also been tested for representative set of macrocycles.

Natural products are an attractive source with varied structures that exhibit potent biological activities, and desirable pharmacological profiles. The core scaffold of a natural product can also provide a biologically validated framework upon which to display diverse functional groups. Inspired by bioactive natural products, natural product-like compounds, occupying the same chemical space, are ideally suited to explore and to facilitate understanding of biological pathways.

MCE 10K Natural Product-like Compound Library consists of 10,000 natural product-like compounds. Each compound has scaffold of natural products or Tanimoto coefficient >0.6 with natural products. The natural-likeness scoring of these compounds is >-2. What’s more, compounds in the library are drug-like and readily available for re-supply, making it a powerful tool for new drug research and development. It can be widely applied in high-throughput screening (HTS) and high-content screening (HCS).

历史上，天然产物在药物发现中起着关键的作用，特别是在癌症和传染病的治疗领域，其他的治疗领域也包括心血管疾病（如他汀类药物），多发性硬化症（如腺苷酯）等。过去的几十年里，FDA 批准的药物中大约有 40% 是天然产物，其衍生物或与天然产物相关的类似物。

MCE 5K Natural Product-like Compound Library 由 5,000 个类天然产物化合物组成，库中每个分子含有天然产物关键骨架（42个）或者和天然产物的谷本相似系数 >0.6，且 Natural-likeness scoring >-2。该化合物库同时具备类药性和新颖性，库中化合物可重复供应，是新药研发的有力工具，可以广泛地应用于高通量筛选（HTS）和高内涵筛选（HCS）。

靶向蛋白降解(Targeted protein degradation, TPD)是一种新型的、有前景的新药研发方法。它在靶向“不可成药”疾病靶点及克服耐药性问题上显示了巨大的潜力。分子胶和PROTACs都是目前最受关注的两种靶向蛋白降解技术。

分子胶是一种小分子降解剂，主要诱导E3泛素连接酶与靶蛋白之间发生新型相互作用，形成三元复合物，导致蛋白质泛素化，随后被蛋白酶体降解。与PROTACs相比，分子胶通常具有更好的类药性，如具有更低的分子量，更高的细胞通透性和更好的口服吸收度等。分子胶已经逐渐成为一种具有前景的疾病治方法。

MCE 收录了91种靶向不同蛋白的分子胶化合物。MCE分子胶化合物库是进行科学研究和疾病机制研究的有用工具。

补益类中药在传统医学体系中占据核心地位，其核心价值在于调节机体功能状态。现代药理学研究证实，这类药材及其单体成分具有双向免疫调节、抗衰老与延长寿命、神经保护与促智、造血与代谢调控等功效。根据中医“扶正固本”理论，补益药主要分为补气、补血、补阴、补阳四大类别，本库严格依据此分类体系进行化合物采集。

中药单体类化合物构具有卓越的类药性，天然具备结构多样性，功效锚定明确，有助于提高筛选成功率，是进行多靶点协同”研究的理想工具。该库含有 1,028 个化合物，可为研究化合物之间的协同作用（网络药理学）提供了物质基础，有助于开发针对复杂疾病（如肿瘤、神经退行性疾病、代谢综合征）的多靶点治疗方案。

靶向蛋白降解(Targeted protein degradation, TPD)是一种新型的、有前景的新药研发方法，旨在通过标记降解或招募天然降解机制，靶向那些因缺乏酶功能、缺乏药物结合位点而被认为不可药物的蛋白质。

分子胶是一种小分子降解剂，主要诱导E3泛素连接酶与靶蛋白之间发生新型相互作用，形成三元复合物，进而导致蛋白质泛素化，最终被蛋白酶体降解。与PROTACs相比，分子胶通常具有更低的分子量，更高的细胞通透性和成药性。此外，分子胶的设计相对简单，不需要复杂的连接子和配体优化。因此，分子胶已经逐渐成为一种具有前景的疾病治方法。

目前已报道出多种类型的分子胶，通过对共晶结构进行分析发现，CRBN相关的分子胶更通用，因此我们选择了相关的活性分子作为探针分子用于人工智能（AI）筛选，再通过分子对接，验证筛选出的分子保持关键的药效团，最终获得320个分子胶类似物，这些化合物是研究分子胶的有力工具。

目前临床真菌感染发病率与死亡率持续处于高位，而现有抗真菌药物存在种类有限且毒副较多等问题，亟需研发新型抗真菌药物。抗真菌类药库可为新型抗真菌药物筛选和研发提供助力。

抗真菌药物作用机制覆盖真菌细胞膜合成、细胞壁构建及细胞分裂等，通过特异性作用于不同靶点发挥杀菌或抑菌效果，该库涵盖多种核心抗真菌药物类似物，可适配不同场景的抗真菌研究需求。可用于新型抗真菌候选药物高通量筛选，快速挖掘具潜在抗真菌活性的化合物，助力解析药物与靶点的相互作用及耐药机制；筛选可逆转耐药性的化合物及组合，挖掘现有化合物的新抗真菌潜力。

该库包含0个化合物，建库筛选逻辑明确，核心来源为相似度≥0.6的已知抗真菌活性分子类似物,MCE总计收集500多个已经报道的高活性抗真菌药物 ，库中化合物筛选后均符合lead-like理化性质，兼具多样性与类药性，为新型抗真菌药物研发提供助力。

抗菌作用机制具有多样性，如通过破坏细菌细胞结构、干扰细菌代谢过程、抑制核酸合成等方式发挥抗菌作用，该库化合物涵盖小分子骨架类、天然产物衍生物等多种类型，通过骨架结构衍生提升对耐药菌的活性及对不同类型细菌的选择性，可用于新型抗菌候选药物的高通量筛选。也可为化合物结构修饰提供参考，进一步深入研究抗菌药物结构-活性关系，还可用于挖掘细菌耐药机制及逆转方法，探索抑制耐药泵、修复药物敏感性的抗菌分子。

该库包含0个结构多样的类药化合物库筛选逻辑明确，核心来源为相似度≥0.6的已知抗细菌活性分子类似物，MCE总计收集1900多个已经报道的高活性抗真菌药物 ，库中化合物筛选后均符合lead-like理化性质，兼具多样性与类药性，为新型抗细菌药物研发提供助力。