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利用识别特定蛋白的抗体，捕获与此蛋白相互作用的核酸。特定蛋白多半是能够与核酸结合的，转录因子，调控原件等等，而抗体可以是识别不同修饰的蛋白，例如乙酰化什么的，用于转录调控，表观遗传学研究等等 1. 抗体挂到固相支持物上（磁珠或琼脂糖），制备亲和纯化柱 2. 对细胞进行甲醛交联，固定蛋白与核酸的结合物 3. 将蛋白核酸复合物抽提出来，再将染色质片段通过超声或酶解，打断成小片段 4. 将此小片段加到制好的亲和纯化柱上孵育 5. 将未结合物质洗去 6. 将目标蛋白核酸复合物洗脱收集 7. 蛋白酶K加热解交联 8. 纯化核酸 9. 根据需要进行qPCR或者是测序，芯片等
