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离子通道是细胞膜上调控离子跨膜流动的关键蛋白，广泛参与神经传导、肌肉收缩、心跳节律、疼痛感知等几乎所有生理过程。其功能异常会导致心律失常、癫痫、高血压、神经性疼痛、癌症等多种重大疾病，因此离子通道是公认的重要药物靶点---目前全球已有超过15%的上市药物以离子通道为作用靶点，在心血管、神经、镇痛等领域具有不可替代的治疗价值。

MCE汇集了5000多种报道的离子通道相关活性化合物，主要靶向 Na+ 通道、K+ 通道、Ca2+ 通道、GABA 受体、iGluR 等，通过AI模型对化合物进行2D(分子指纹、药效团)和3D（空间构象）双重表征，筛选出与已知活性分子高度相似的结构类似物。同时，运用整合了XGB与ISE图谱策略的hERG通道预测算法，对化合物库进行全面的潜在心脏毒性评估并剔除，这一步骤可显著降低后续筛选中的安全性隐患，尤其对心血管相关离子通道药物研发（如 Nav1.5、Cav1.2）具有重要意义，能有效减少因 hERG 抑制导致的研发失败，是筛选离子通道药物的有用工具。

该化合物库采用骨架导向设计策略，每个独特的Bemis Murcko含有2个精心设计的衍生物分子，既保证了化学空间广泛覆盖（骨架多样性），也兼顾了在骨架结构基础上丰富官能团结构，为每个化学骨架提供初步的结构-活性关系探索能力，为后续的快速优化奠定基础，是高效药物发现的有用工具。

苗头分子的发现是新药研发的起跑线，在众多可用的工具中，DNA编码化合物库已成为高通量筛选的革命性平台, 与传统的HTS相比，筛选流程短，成本低，测定方法简单，库容量大。

DEL建库通过split-and-pool synthesis（拆分‑合并合成）组合化学合成方法进行循环拆分、反应、合并，用极少量步骤，快速实现片段的指数级组合，无需逐一合成与分离纯化，大幅降低成本。研究人员通过DEL筛选，可一次性完成海量化合物与靶蛋白的亲和力筛选，每个化合物自带唯一 的DNA 序列，通过对DNA序列进行解码和数据分析，轻松实现对百万至上亿化合物库的高效筛选。因此，DEL筛选兼具高效率与低成本的双重优势，使DEL技术成为现代药物发现领域具有变革性的技术。

本库由50个独立的子库构成，总分子规模达1000亿，通过2轮、3轮和4轮的分步组合化学建库策略构建，采用丰富的骨架类型和多样的连接策略，涵盖不同的环系、线性骨架以及杂环体系，无需依赖靶蛋白的特定活性检测方法，仅通过亲和性即可完成筛选，适配性强，可应用于各类靶点的DEL筛选。

甲基化是一种表观遗传修饰机制，甲基化涉及向 DNA、组蛋白等分子添加甲基基团，可在不改变 DNA 序列的情况下改变基因表达。这一过程由 DNA 甲基转移酶 (DNA methyltransferases, DNMTs) 和组蛋白甲基转移酶 (histone methyltransferases, HMTs) 等酶催化，并可被去甲基化酶逆转。 甲基化与去甲基化的平衡对于维持细胞功能和基因组稳定性至关重要。甲基化异常调节可能导致包括癌症、神经系统疾病和发展异常在内的多种疾病。深入理解甲基化代谢的分子机制对于开发与甲基化失调相关疾病的治疗策略至关重要。

MCE 收录了靶向甲基化酶/去甲基化酶的 322 个小分子化合物，该库对于研究甲基化代谢途径、探索其在疾病中的作用机制具有重要价值。

多糖是碳水化合物分子的长链，由多个较小的单糖组成。多糖主要存在于天然来源中，如植物、微生物、藻类和动物等。多糖类化合物具有大量的活性官能团、不同的化学成分和不同的分子量范围，这决定了它们在性质和结构上的多样性。同时在医学研究领域，多糖也作为一类功能化合物从而发挥作用。如：纳米载体构建、免疫调控与疫苗开发、抗肿瘤治疗新策略、组织再生工程应用和疾病诊断等等。随着糖组学与合成生物技术的进步，人类正在从“认识多糖”向“设计多糖”跨越，为材料科学、精准医学和可持续发展提供革新性解决方案。

MCE 可提供 70 种多糖类化合物，可用生物医学领域的研究。

核受体，是在细胞中发现的一类蛋白质，负责感知雄激素、甲状腺激素和某些其他分子。它是一种参与人体生理病理等多方面的配体激活转录因子，调节多种重要基因的表达。

核受体已成为新药开发策略中的主要靶点之一，为研究多种人类疾病提供了一种独特的受体，如乳腺癌、皮肤病和糖尿病等。13%的美国食品和药物管理局(FDA)批准的药物靶向核受体。

MCE可以提供969种核受体抑制剂和激动剂，所有化合物均明确报道对核受体有抑制或激活作用。MCE核受体库是癌症、皮肤病和糖尿病等相关药物研究的有用工具。

基于片段的药物开发 (FBDD) 是可应用于科学研究和商业化的药物开发方法，可增强对一些 “不可成药物” 靶点的识别。基于片段的药物开发发现了低分子量配体 (<300Da) 能够与相关大分子结合。这些片段分子可以覆盖广阔的化学空间，易于后期进行结构优化。目前，已经有多种基于片段开发发的药物进入临床试验，其中 Vemurafenib 和 Venetoclax 两种药物已经获得批准上市。

MCE 基于 Tanimoto 系数，使用相似性算法，从大规模的片段分子中精心挑选了 2,259 个高结构多样性的符合 ‘RO3’ 片段分子，可应用于基于片段的药物开发。

止咳平喘是中医中的一种治疗方法，主要用于缓解咳嗽和哮喘等症状。其中，咳嗽和哮喘可能是由多种因素引起的，比如：支气管哮喘，慢阻肺，喘息性支气管炎，咳嗽性哮喘等等。

基于已有的中医研究，许多种中药药材具有止咳平喘的功能，比如：矮地茶、白果、苦杏仁、款冬花、牡荆子、枇杷叶等等。因此，来自于这些中药成分的活性单体具有很高的药用价值，具有被开发成相关疾病药物的潜能。

MCE 可以提供 847 种，可从具有止咳平喘功能的中药中获取的活性单体，可应用于药物开发与疾病机制研究。

靶向蛋白降解(Targeted protein degradation, TPD)是一种新型的、有前景的新药研发方法。它在靶向“不可成药”疾病靶点及克服耐药性问题上显示了巨大的潜力。分子胶和PROTACs都是目前最受关注的两种靶向蛋白降解技术。

分子胶是一种小分子降解剂，主要诱导E3泛素连接酶与靶蛋白之间发生新型相互作用，形成三元复合物，导致蛋白质泛素化，随后被蛋白酶体降解。与PROTACs相比，分子胶通常具有更好的类药性，如具有更低的分子量，更高的细胞通透性和更好的口服吸收度等。分子胶已经逐渐成为一种具有前景的疾病治方法。

MCE 收录了89种靶向不同蛋白的分子胶化合物。MCE分子胶化合物库是进行科学研究和疾病机制研究的有用工具。

风味是一种嗅觉和味觉的表达，是通过由分子触发的多种化学过程来实现的。食品风味是食品质量的重要属性，在很大程度上决定了消费者的食品偏好。风味分子除了在味觉和嗅觉方面发挥关键作用外，还能参与调节新陈代谢，对健康产生影响。在日常生活中，风味分子在食品和香料等生活领域的具有绝对的应用价值。在科学研究中，开展对风味分子的研究，有助于揭示食物的摄入与味觉感知变化的关系；开展风味与食品成分的结合行为的研究，能够探究风味分子的保留、释放和感知。最重要的是，在探究多感官风味感知的同时，可以充分调动食品行业研究美味健康食品设计新策略的积极性。

MCE 基于 FlavorDB (A resource to explore flavor molecules) 数据库，收集整理了 426 中风味分子，可用于味觉感知等相关研究中。

疾病的发生往往与多个靶点和通路相关联，且疾病形成的因素复杂多样，因此需要开发功能更强大的药物。据统计，在 2015-2017 期间 FDA 批准上市的药物中有 21% 的药物是多靶点化合物。多靶点化合物是指一个药物靶向多个与疾病相关的靶点或某个靶点的多个亚型，多靶点化合物可以应用到药物筛选或定向配体设计中，因为这种化合物的靶标多样且明确，所以在新药研发开展机制研究的过程中具有节约时间、药物成本等特点。此外，由于药物靶点多样化，可以将多种策略应用到药理学研究。

MCE 可以提供 6,135 种多靶点化合物，靶向两个及以上的不同靶点或同一靶点的不同亚型，可以用于靶蛋白配体筛选或药物开发。

半胱氨酸蛋白酶（Cysteine Proteases, CP）作为调控生理代谢、介导病理进程（如骨重塑异常、肿瘤侵袭、病原体感染）的关键酶家族，其特异性抑制剂的研发是疾病干预的核心方向之一。目前已报道的 CP 抑制剂基本通过精准结合 CP 活性口袋（如 S1-S4 非引物口袋、S1'-S2' 引物口袋）并与活性位点半胱氨酸形成共价 / 非共价相互作用实现抑制功能，为新型抑制剂开发提供了明确的结构参照。

本化合物库以“基于已知活性结构的相似性” 为核心设计策略，收集200多个已报道的半胱氨酸抑制剂，依托人工智能（AI）驱动的分子筛选技术，库内分子保留已报道的半胱氨酸蛋白酶抑制剂的关键药效团特征及形状特征，是高效发现新型半胱氨酸蛋白酶的有用工具。

模式识别受体 (Pattern Recognition Receptors, PRRs) 是先天免疫系统细胞 (如巨噬细胞、树突状细胞等) 中表达的一类重要蛋白质分子。模式识别受体的核心作用是识别病原体相关分子模式 (Pathogen-Associated Molecular Patterns, PAMPs) 和损伤相关分子模式 (Damage-Associated Molecular Patterns, DAMPs)。当PRRs识别并结合 PAMPs 或 DAMPs 后，会迅速启动细胞内信号通路 (如 NF-κB、IRF、炎症小体通路)，从而触发炎症因子、趋化因子和 I 型干扰素等的产生，启动炎症反应，清除病原体或修复损伤。PRRs 是机体抵抗感染的第一道防线，其应答的快速性和广泛性对宿主存活至关重要。然而，PRR 信号的异常活化也是许多慢性炎症性疾病、自身免疫病和神经退行性疾病的原因之一。因此，精准调控 PRR 的活性已成为治疗这些疾病的关键策略。

MCE 精心收录了 278 种模式识别受体靶向化合物，包含 NOD-like Receptor (NLR)、Toll-like Receptor (TLR)、C-type Lectin-like Receptors、Cyclic GMP-AMP Synthase 等，是慢性炎症疾病等相关药物研究的有效工具。

血液肿瘤是指发生在血液系统中的恶性肿瘤，主要发病机理为异常血细胞生长失去控制，正常血细胞抵抗感染并产生新的血细胞的功能受限。大多数血液肿瘤开始于骨髓。临床上常见的血液肿瘤主要有三种类型:白血病、淋巴瘤和骨髓瘤，这些癌症每年折磨着数百万儿童和成年人，而且往往是致命的。

一些常见的血液肿瘤治疗方法包括干细胞移植、化疗、放疗、靶向治疗、免疫治疗或几种治疗方法的结合。随着我们对血液疾病恶性转化的关键信号通路和分子驱动因素的逐步了解，新的血液肿瘤治疗策略将不断被开发。

MCE 提供 3,823 个具有明确或潜在抗血液肿瘤活性的化合物，这些化合物靶向血液肿瘤治疗中的关键靶点及信号通路，是筛选抗血液肿瘤活性化合物及其他相关研究的重要工具。

抗癌上市药物库精心收录了所有经美国食品药品监督管理局 (FDA) 以及其他主要国家药监局批准上市的用于癌症治疗的药物。这些药物涵盖了多种癌症类型，包括但不限于肺癌、乳腺癌、结直肠癌、白血病等常见癌症。从经典的化疗药物到前沿的靶向治疗药物和免疫治疗药物。库中包含了多种作用机制的药物化合物。有直接杀伤癌细胞的细胞毒性药物，也有通过调节肿瘤微环境、抑制肿瘤血管生成、激活免疫系统等方式发挥抗癌作用的药物。这种多样性为研究人员提供了广泛的研究视角和干预策略选择。

无论是针对癌症治疗的基础研究，探索药物作用的新靶点和新机制；还是进行药物再利用研究，寻找现有药物对其他癌症类型或疾病的潜在治疗效果；亦或是开展联合用药研究，优化癌症治疗方案，抗癌上市药物库都是一个不错的选择。

MCE 收录了 271 个适应症为癌症的小分子化合物，是进行老药新用的良好工具。

在基因编辑技术飞速发展的时代，CRISPR-Cas 系统以其强大的可编程性引领了生命科学研究的变革。CRISPR-Cas 高效且精确地对生物体的基因组进行目标修饰，为研究基因功能、治疗遗传性疾病以及改良作物品种提供了强大的工具。然而，编辑效率不足、同源定向修复效率低下及潜在脱靶风险等瓶颈，仍是实现精准基因修饰与开发基因疗法的主要挑战。

为突破这些限制，MCE 高效基因编辑化合库系统收录了 698 个可明确或潜在提升基因编辑效率的小分子。这些化合物通过靶向调控 DNA 损伤修复网络，从机制上抑制非同源末端连接、促进同源定向修复或调节染色质状态与细胞应答，从而显著优化编辑效果。该库适用于开发“CRISPR-小分子”联合治疗策略，提升基因编辑效率，并为深入研究 DNA 损伤修复在基因编辑中的相关机制提供有力工具。

环肽具有高亲和力、高选择性、适合靶向蛋白‑蛋白相互作用等优势，通过DEL 技术可实现亿级化合物库容量，DEL环肽库具有低成本、高效筛选等优势，可用于难药化靶点的先导化合物发现。

本环肽库以非天然氨基酸为核心构建单元，通过DNA兼容的化学反应合成，每个环肽分子由6个氨基酸构成，可含非天然氨基酸、侧链交联、二硫键、大环化等约束构象，稳定性与成药性显著优于线性肽，填补小分子与大分子生物药之间的空白。每个环肽分子唯一对应一段DNA 序列标签，用于分子识别与测序解码。

MCE环肽库有8个独立的子库，总分子规模达12亿，通过多轮的结构单元组合和多样化环化方式的建库策略构建，可用于高效发现环肽分子。

《古代经典名方目录》是由国家中医药管理局发布的，从百余部有代表性的古医籍所载10万余方剂中遴选经典名方。专家表示，来源于古籍的经典名方，有着上千年的人用经验，在常见病、多发病、慢性病等领域广泛适用，其开发利用可填补我国部分疾病的医疗药物空白，有效缓解我国老龄化、慢性病等一系列社会问题带来的日益严峻的医疗需求。MCE 收集整理了这些来自于古代经典名方目录方剂来源的单体单体化合物，其中包含甘草、人参、半夏等中药来源，有助于为现代药物开发提供新思路、新策略。

MCE古代经典名方目录中药单体化合物库 1,937 种中药单体化合物，可用新药开发以及药物靶点鉴定等研究领域。

研究表明，靶向衰老通路的药物在阿尔茨海默病、心血管疾病、代谢综合征、骨关节炎及多种恶性肿瘤等年龄相关疾病模型中展现出改善潜力，提示通过干预衰老生物学进程可能实现对多种慢性疾病的协同防治。在细胞衰老、端粒损耗、表观遗传失调和慢性炎症等核心衰老机制被逐步揭示的背景下，抗衰老研究已从传统表型干预转向靶向生物学年龄的关键通路调控。

MCE 抗衰老化合物库 Mini 正是基于这一前沿理念构建，聚焦于经遗传学或功能研究验证的衰老相关靶点，共计 381 个化合物旨在为衰老生物学及干预策略开发提供系统性研究工具。化合物库涵盖 mTOR、SIRT、能量代谢、细胞衰老清除、线粒体功能优化及端粒维持等核心机制，每个靶点精选 1-5 个活性明确、具有代表性的化合物，覆盖从临床前工具分子到临床在研药物的完整转化谱系。

分子胶虚拟库是依托生成式人工智能技术，整合已知分子胶的结构特征、活性数据及三元复合物（靶蛋白 - E3 - 分子胶）的相互作用信息，构建的兼具新颖性、类药性、多样性、可合成性的化合物库。该库适用于基于分子胶的AI药物筛选、大型虚拟筛选等

MCE依托强大的计算能力，以高质量分子砌块为基础构建该库，搭配严谨的反应规则与优化的化合物生成策略。为保障库体质量，剔除了合成难度高、类药性低、PAINS化合物及其他不良分子，再通过化合物骨架分析，筛选出类药多样性分子进行可合成性分析，剔除合成难度过高的分子，最终形成规模庞大、结构多样、可合成且具备类药性的分子胶虚拟库。

库中化合物仅需1-2步化学反应即可合成，借助 MCE 经验丰富的化学合成团队，可以轻松实现从 mg 级到 kg级等不同量级的定制合成，满足不同客户需求。

蛋白互作(PPI)在生命过程中起着关键作用。研究表明，异常的PPI与多种疾病相关，包括癌症、感染性疾病和神经退行性疾病。传统的药物靶点通常是酶、离子通道或受体，PPI则显示了新的潜在治疗靶点。因此，靶向PPI是治疗疾病的一个新方向，是开发新药的重要策略。

然而，针对PPI的调节剂的设计仍然面临着巨大的挑战，如PPI界面难以用于药物设计、缺乏配体参考、缺乏PPI调节剂开发和高分辨率PPI蛋白结构的指导规则等。

随着高通量技术的发展，高通量筛选也逐渐用于PPI抑制剂的鉴定，但用于常规靶点筛选的化合物库对筛选PPI抑制剂效果并不太明显。为了提高筛选效率，MCE精心挑选了 725 PPI抑制剂，主要靶向MDM2-p53、Keap1-Nrf2、PD-1/PD-L1、Myc-Max等。MCE PPI抑制剂库是PPI药物发现和相关研究的有用工具。

大环化合物（通常指含 12 个及以上原子的环状小分子或肽）具有独特的物理化学性质，能形成预组织的受限构象，与靶点结合亲和力强、选择性高，可靶向传统小分子药物难以作用的蛋白，填补小分子药物与生物制剂之间的空白。激酶作为催化蛋白质磷酸化的关键酶，其功能失调与肿瘤、慢性阻塞性肺疾病、肺动脉高压等多种疾病的发生发展密切相关，是极具价值的治疗靶点。传统小分子激酶抑制剂普遍存在靶向选择性差，易产生脱靶毒性、生物利用度差、获得性耐药等问题。大环的半刚性结构可限制构象与提升亲和力从而实现选择性调控，还可以减小体积分子优化药代动力学性质，大环化策略逐渐成为激酶抑制剂优化的核心手段。

从 ChEMBL 数据库收集数以万计的活性大环化合物，基于 Transformer 架构，将大环化问题转化为 “化学语言翻译” 任务，简化分子线性输入规范，实现线性分子到大环分子的端到端生成。Macformer 通过深度学习实现了线性分子的高效、自动化大环化，生成的大环分子兼具化学多样性、新颖性和生物相容性，可以覆盖更广泛的化学空间。

MCE收集上千个已报道的上市或进入临床的激酶抑制剂，以这些激酶片段作为起始片段，进行环化生成， 进一步从可合成性以及理化性质方面进行评估，最终构建百万级的大环虚拟化合物库，可用于靶向激酶类靶点的虚拟筛选和AI筛选

大环化合物（通常指含 12 个及以上原子的环状小分子或肽）具有独特的物理化学性质，能形成预组织的受限构象，与靶点结合亲和力强、选择性高，可靶向传统小分子药物难以作用的蛋白，填补小分子药物与生物制剂之间的空白。激酶作为催化蛋白质磷酸化的关键酶，其功能失调与肿瘤、慢性阻塞性肺疾病、肺动脉高压等多种疾病的发生发展密切相关，是极具价值的治疗靶点。传统小分子激酶抑制剂普遍存在靶向选择性差，易产生脱靶毒性、生物利用度差、获得性耐药等问题。大环的半刚性结构可限制构象与提升亲和力从而实现选择性调控，还可以减小体积分子优化药代动力学性质，大环化策略逐渐成为激酶抑制剂优化的核心手段。

从 ChEMBL 数据库收集数以万计的活性大环化合物，基于 Transformer 架构，将大环化问题转化为 “化学语言翻译” 任务，简化分子线性输入规范，实现线性分子到大环分子的端到端生成。Macformer 通过深度学习实现了线性分子的高效、自动化大环化，生成的大环分子兼具化学多样性、新颖性和生物相容性，可以覆盖更广泛的化学空间。

MCE收集上千个已报道的上市或进入临床的激酶抑制剂，以这些激酶片段作为起始片段，进行环化生成， 进一步从可合成性以及理化性质方面进行评估，最终构建百万级的大环虚拟化合物库，可用于靶向激酶类靶点的虚拟筛选和AI筛选

MCE 人 PSC 胚胎样体 (EBs) 诱导培养基专为多能干细胞在悬浮培养条件下高效形成均一胚胎样体 (EBs) 而设计。该培养体系综合干细胞微环境调控与代谢适配策略，显著提升 EBs 形成过程中稳定性与重复性。